закрытие модального окна

dismiss(animation:true,nil)

чтобы окно-всплывашка была поверх текущего окна

1. выставляем цвет у View backgound: Clear Color
2. у ViewController указыаем presentation: Over Current Context

let frame:CGRect   = CGRect(x: 50, y: 30, width: 200, height: 300)
        self.view.frame           = frame

ставим рамку и цвет рамки у PopUp окна

override func viewDidLayoutSubviews() {
     ... 
       self.view.layer.borderWidth = 1
        self.view.layer.borderColor = UIColor.black.cgColor
}

получаем контроллер из Storyboard программно

let SpecialViewController = UIStoryboard(name: "Main", bundle: nil).instantiateViewController(withIdentifier: "SpecialViewController") as! SpecialViewController