Задача:

Убрать из индексации файл .htaccess
Добавить в .gitignore

Решение

1) удалять из индекса так:

git update-index --assume-unchanged .htaccess

2) Убираем файл из кеша git

git rm --cached .htaccess

при необходимости коммитим удаление .htaccess и пушим в удалённую репу

3) Добавляем строку в файлу .gitignore

.htaccess