Вот это должно быть прописано в скрипте железно

set_time_limit(0);
define("NOT_CHECK_PERMISSIONS", true);

if (!isset($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']) || empty($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'])){
    $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] = '/var/www/'; // надо внимательно проверять что у вас в DOCUMENT_ROOT если вы запускаете скрипт из консоли
}

require_once($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php");

//..